İki yıl önce, Tachibana Junichi'nin kalbi buluşmaya gelmeyen bir kız tarafından Noel Arifesi'nde kırıldı. Lise ikinci sınıf öğrencisi olan Junichi, şu sıralar günlerini planeteryum dolabının içinde durarak, okula giderek ve arkadaşları Tanamaci Kaoru ve Umehara Masayoshi ile takılarak geçiriyor.
Okulun en güzel kızlarından biriyle karşılaşma şansından sonra, üçüncü sınıf öğrencisi Morishima Haruka, Junichi kendini onunla zaman geçirirken, kitaplarını taşırken yada kızın atlayışını sırtında hissederken ve kız jokeymiş o da onun atıymış gibi davranırken buldu. Çok geçmeden, Junichi romantik bir şekilde Haruka ile ilgilenir oldu, beraberinde...
Amagami SS altı farklı kadının eşlik ettiği bir PS2 oyununa dayanır. Animenin hikayesi her kadın kahramanın ayrı bakış açılarıyla çekilecek çok sonlu bir şekilde ilerleyecektir. Her kadın kahraman kendilerine has bitiş kısmı şarkısını söyleyecektir.