Hikaye, Okinawa’nın sınırlandırılmış, özerk bir hükümetle yönetilmeyi savunan Iwado Adası'nda geçmektedir. Babasını kaybetmiş olan 13 yaşındaki Fukai Ao, Toshio isimli eski bir doktor ile yaşamakta ve ortaokula giriş için hazırlanmaktadır. Ao’nun annesi 10 yıl önce kimliği bilinmeyen biri tarafından alınmıştır. Hikayenin kadın kahramanı ve Ao’nun çocukluk arkadaşı olan 13 yaşındaki Arata Naru, babası, ablası ve büyükannesiyle yaşamaktadır. Çocukken geçirdiği bir kaza sonucunda Yuta güçleri kazanmıştır.

Sır denen gizli bir örgüt birden bire önlerinde belirir ve adadaki yaşam formu olan Scub Mercanı'na saldırmaya başlar. Ao, adayı korumak konusundaki coşkusuyla Japon ordusunun aracı olan, Nirvash denilen FP'yi çalıştırmayı başarır.