2059 yılında Zentradi uzaylılarına karşı savaştan sonra yok olmanın eşiğinde olan insanlık, varlığını sürdürebilmeyi garantilemek için evrenin dört bir yanına koloniler kurarak yayılır. Macross Frontier filosu da insanlık adına kurulan bu kolonilerden biridir. 25. uzay filosu Macross Frontier, içinde 10 milyondan fazla insan yaşayan ve Dünya’dan farklı olmayacak şekilde yapay bir doğal ortam yaratmış olan bir uzay gemisidir ve galaksinin ortasında seyahat etmektedir.

Sheryl Nome adlı çok ünlü bir pop idolü, vereceği bir konser için Macross Galaksisi’ndeki Macross Frontier’i ziyarete gelir. Bir Çin restoranında çalışan Ranka Lee adlı sıradan bir lise öğrencisi ise Sheryl’ı çok beğenmekte ve onun gibi olmak istemektedir. Ranka, sonunda uzun zamandır beklenen konsere gider ve burada uçuş okulunda okuyan Alto Saotome ile tanışır. Ancak kısa süre sonra olaylar yeni yaratıkların filoya saldırısıyla çok daha başka bir boyut kazanacak, geçmişin ilginç sırları ortaya çıkacak ve Frontier içindeki şarkı söyleme yeteneği olan tek kişinin Sheryl olmadığı ortaya çıkacaktır.