Black Rebellion olayından bir sene sonra Order of the Black Knights’dan birçok önemli kişi tutuklanmış, idam kararları beklenmektedir. Bu sırada ortada olmayan Zero’nun isyanda öldüğü iddia edilmektedir. Area 11 ise bu olaylardan sonra eskisinden daha da sıkı bir Britannia yönetimine ve baskısına girmiştir.

Bütün bunları uzaktan izleyen ve eski kimliğinden habersiz, kendine boş gelen yaşamını sürdüren lise öğrencisi Lelouch ise; gizemli C.C. ile yollarının bir kez daha kesişmesi sonucu hafızasını yeniden kazanarak “gerçek” kimliğine tekrar bürünecektir. Şimdi başladığı işi bitirmek üzere harekete geçen Zero’nun mücadelesi eskisinden de zorlu olacaktır.