Persona Century Şirketi, dünyadaki neredeyse tüm arazi arsalarını satın aldı. Anlaşmazlıklar, şirketin sınırları içinde tolere edilmemekte ve Persona'ya karşı olanlar, hızlı bir şekilde ele geçirilmektedir. Persona'nın kontrolü altında olmayan az sayıdaki yerlerin içinde, Kabuki-cho'nun özgür kasabası "Tokyo'nun Karanlık Yüzü"olarak da bilinmektedir. Şehirde, Mai adlı bir kadının öncülüğünde, Mesih denilen küçük bir direniş grubu var. Bu Dünya'ya Kabuki-cho'nun lakabını alan bir adam adım atıyor: Karanlık Taraf. On sekiz yıl önce Persona Century tarafından başka bir boyutta kapatılmış olan Karanlık Taraf şimdi eşsiz mistik yenilenme gücünü kullanarak Mesih'e yardım etmeye dönüyor.