10 yıl önce yaşanan büyük bir depremde Tokyo'nun %70'i sular altında kalmıştır. O sırada Tokyo'da bulunan 14 yaşındaki Ganta Igarashi, felakete dair hiçbir şey hatırlamayan ve sadece normal bir hayat sürdürmeye devam etmek isteyen bir gençtir. Kendisi gibi felaket bölgesinden kurtulan insanlara 'kaçak' denmektedir. Arkadaşlarıyla yakında olacak olan bir sınıf gezisini tartıştıkları sırada sınıflarının dışında bir adam belirir. Red Man diye anılan bu adam bir anda Ganta'nın sınıfındaki herkesi katleder ve geriye sadece onu hayatta bırakır. Adam, ortadan kaybolmadan önce Ganta'nın göğsüne kırmızı bir kristal yerleştirir.

Gözlerini hastanede açan Ganta, neler olduğunu anlayamadan işlemediği bir suçtan hüküm giyer. Sınıftaki herkesi onun katlettiğine inanılmaktadır ve idam cezasına çarptırılır. Depremden sonra Tokyo'yu kalkındırmak amacıyla turistik bir yer olarak inşa edilen özel bir hapishaneye gönderilir: Deadman Wonderland'a. Bu hapishanede mahkumlar hem oranın çalışanları hem de ziyaretçilerin "eğlencesi" olarak görev yapmaktadır.

İdam cezalarının bile ilginç şekillerde gerçekleştirildiği bu hapishanede boynuna, bedenine zehir enjekte eden özel bir boyunluk takılan Ganta'nın 3 günde bir özel bir panzehir alarak kendini kurtarması gerekmektedir. Ganta, burada kendisini eskien tanıyor gibi görünen Shiro adlı gizemli bir kızla ve herşeyin yerini belirleyebilme yeteneğine sahip olan kleptoman Yoh ile dostluk kurar. Bu sırada göğsündeki kristalin kendisine ilginç bir güç sağladığını keşfeder. Bu suçu üzerine atan Red Man'i bulmaya ve masumiyetini kanıtlamaya kararlı olan gencin hayatı, anlam veremediği sayısız karmaşanın içine sürükleneceği bir 'şova' dönüşmek üzeredir.