Shinanome Lisesinin altında, Makoto Mizuhara adında bir öğrenci tarihi kalıntılar bulur. Oraya doluşan gazeteciler ve bilim adamları kazılara başlarlar. Bu sırada öğrenci konseyi başkanı Jinnai, kalıntıları aslında kendisinin bulduğunu iddia eder. Bunu iddia ile hakkında yapılan suçlamaları da yeniden karşısında bulur. Aslında Jinnai hileli bir kampanya ardından Başkan seçilmiştir ve bir konuşma esnasında Makoto buna kulak misafiri olmuştur. Yine karşısında Makoto'yu bulan Jinnai, sinir krizleri geçirir ve Makoto'yu ortadan kaldırmanın planlarını yapmaya başlar.

Kız kardeşi Nanami'nin ismini kullanarak Jinnai, Makoto'ya bir mektup yollar: akşam okulda konuşmak istediğini söyler. Makoto'yu okulda tek başına yakalayan Jinnai, deli gibi onu kovalamaya başlar. Ama tam yakaladığı esnada sanki zaman durur. Makoto onu kalıntılarda birinin çağırdığı hisseder ve oraya doğru gider. Kalıntılara vardığında karşısına İfurita çıkar ve Makoto'yu son kalan güçleriyle tekrar El Hazard'a göndereceğini söyler. Ne olduğunu anlamadan Makoto, ve Jinnai bir nedenden okulda olan Nanami ve Bay Fujisawa ile beraber kendilerini muhteşem bir dünyada; El Hazard da bulurlar.