Jubei Kibagami, kiralık bir Ninja olarak ün salmış büyük bir kılıç ustasıdır. Tamamen şansının kötü bir anına denk gelmiş ve iki farklı Ninja klanı arasındaki savaşa tanıklık etmiştir. Hiruko klanı ve Kimon Shu klanı, Işık prensesi olarak adlandırılan Shigure'yi yakalamak ve planlarına ulaşmak, olaydan habersiz Jubei ise sadece kendini korumak için kılıcını kullanır. Hiruko ile Kimon Shu Ninjaları arasındaki kısa ancak ölümcül savaştan sonra Hiruko ninjası, Jubei'ye kendi adına çalışmasını teklif eder ancak Jubei teklifi kabul etmez. Jubei teklifi kabul etmese de kader ağlarını örmüştür artık başka bir seçeneyi yoktur, görüldüğü yerde Kimon Shu Ninjaları tarafından öldürülecektir.

Shigure'nin saklı olduğu köye, bir saldırı düzenleyen Kimon Shu Ninjaları bütün köyü katleder. Bütün köy prensesi korumak için canını siper etmiştir. Prenses Shigure, Jubei tarafından kurtarılır. Dedik ya Jubei artık başka bir çare bulamaz, kaderi yazılmıştır ve kader onu Shigure ile bir araya getirmiştir. Köyün saldırı altında oldugunu bilen Hiruko ninjası, prensesi korumak için kendi canını ortaya koyar ve kötü bir şekilde yaralanır. Saldırı sonrasında yine Jubei ile karşılaşır ve teklifini tekrarlar ancak Jubei yine olaya pek sıcak bakmaz. Ancak eline verilen ejder taşını, Shigure'ye vermek için kabul eder.

Macera başlamıştır artık. Her seferinde birbirini ortadan kaldırma mücadelesi veren iki Ninja clanı, prensesi korumak ve ona emanet edilen taşı vermek için mücadele eden Jubei, aralarına aldıkları keşiş Dakuan ve genç bir hırsız ile birlikte daha da güçlenirler.