Yıl 2015, dünya büyük bir nükleer felaketten sonra toparlanmaya çalışmakta. Fakat Birleşmiş Milletler'e bağlı gizli ve özel bir organizasyon olan NERV'ün başka hedefleri var. Kadim metinlerde anlatılmış olan 'Angel'ların dünyaya gelişine hazırlanıyorlar. NERV'ün başkanı Gendo Ikari, yıllardır ayrı yaşadığı 14 yaşındaki oğlu Shinji'yi aniden Tokyo-3 şehrine çağırır. Niye çağırıldığını anlayamayan Shinji, Tokyo-3'e gelir gelmez şehre saldırmakta olan devasa bir Angel ve ardından NERV'in merkez üssünde babası ile karşılaşır.

Shinji daha bunların şokunu üstünden atamadan, Gendo Ikari oğluna, Shinji'in hayatında ilk kez gördüğü dev ve korkutucu bir mecha'ya girip üsse saldıran Angel'la savaşmasını emreder. Shinji başta reddetse bile, bunu yapmaya zorunlu kalacak ve hayatı asla eskisi gibi olmayacaktır...