Akademi şehrindeki doğaüstü güçlere sahip kişiler 6 seviyeye ayrılır. (0,1,2,3,4,5) Seviye 0 en az güce sahipken Seviye 5 ezici bir üstünlüğe sahiptir. Şehirde yaşayan birkaç milyon doğaüstü güce sahip kişinin arasından sadece yedisi 5'nci seviyeye ulaşmıştır ve en güçlüsü Accelerator'dur. Gücünün büyük bir kısmını kullanarak Last Order'ı kurtaran Accelerator kendisini Disciplinary Action adındaki kötü bir örgüte karşı bulur. Bu örgüt çok tehlikeli bir görev için Last Order'ı kullanmayı planlamaktadır. Planlarını harekete geçirir ve genç kızın peşine düşerler. Artık Last Order'ı korumak ve Akademi şehrini savunmak dünyanın en güçlüsü Accelerator ve yeni tanıştığı ortağı Estelle Rosenthal'a bağlıdır.